長崎県長崎市坂本に鎮座し、山王神社（日吉神社）と皇大神宮が合併（皇大神宮側に合祀）して創祀された神社です。
昭和20年8月9日、長崎市への原子爆弾投下によって被爆。
爆風で左半分が吹き飛ばされ、奇跡的に右半分だけの一本柱の状態で残っている二の鳥居（片足鳥居）や、被爆した後、豊かな緑を取り戻した樹齢5～600年の大楠（被爆クスノキ・長崎市指定天然記念物）が象徴となっています。